Khi quân Taliban của Afghanistan chiếm được thủ đô Kabul vào năm 1996, một trong những công việc đầu tiên của học giả tôn giáo Akhundzada là ở tỉnh Farah với tư cách là thành viên quân sự thi hành án của Cục khuyến khích đạo đức và phòng chống tội ác. Sau đó ông chuyển đến Kandahar và được làm giáo viên hướng dẫn tại Jihadi Madrasa, chủng viện có khoảng 100.000 sinh viên mà Mullah Omar đích thân trông nom.

Mawlawi Akhundzada sau đó được bổ nhiệm làm Chánh án Tòa án Shariah của Tiểu vương quốc Hồi giáo Afghanistan. Thay vì chỉ là một lãnh chúa hoặc chỉ huy quân sự, ông đã có một danh tiếng như một nhà lãnh đạo tôn giáo, người chịu trách nhiệm phát hành hầu hết các fatwa của Taliban và giải quyết các vấn đề tôn giáo giữa các thành viên của Taliban.[7] Cả Mullah Omar và Mullah Mansour đều được biết là đã tham khảo ý kiến của Akhundzada về các vấn đề của fatwa.[8] Không giống như những người tiền nhiệm của ông, những người được giáo dục ở Pakistan — và những người cũng được cho là đã di chuyển vĩnh viễn về phía đông qua Đường Durand sau cuộc xâm lược của Hoa Kỳ vào năm 2001 và trong cuộc chiến tranh —Akhundzada được cho là đã sống ở Afghanistan trong suốt giai đoạn 2001–2016 mà không có ghi chép gì về hành trang, mặc dù ông có quan hệ chặt chẽ với Quetta Shura tạiQuetta.[7]

Sau khi thăng chức thành phó thủ lĩnh của Taliban vào năm 2015, Akhundzada đã đưa ra một hệ thống mà theo đó, một ủy ban sẽ được thành lập dưới quyền thống đốc ẩn ở mỗi tỉnh có thể điều tra các chỉ huy hoặc chiến binh lạm dụng, theo Mullah Abdul Bari, một chỉ huy Taliban tại Helmand.

Vụ ám sát năm 2012

Theo Mullah Ibrahim, một học trò của Akhundzada, người được The New York Times phỏng vấn, Akhundzada là đối tượng của một vụ ám sát ở Quetta mà Taliban đổ lỗi cho Cục An ninh Quốc gia, cơ quan tình báo Afghanistan. Mullah Ibrahim kể lại: "'Trong một bài giảng của Akhundzada ở Quetta vào một ngày cách đây khoảng 4 năm, một người đàn ông đứng giữa các sinh viên và chĩa súng vào Mawlawi Akhundzada từ cự ly gần, nhưng khẩu súng bị kẹt lại. "Người đàn ông đó cố gắng bắn Akhundzada, nhưng anh ta không thành công, và Taliban lao vào xử lý người đàn ông này. Ibrahim nói thêm rằng Mawlawi Akhundzada đã không di chuyển chút nào trong tình thế hỗn loạn đó."[9]

Bởi vì vụ ám sát được báo cáo xảy ra ở Quetta, nó mâu thuẫn với các báo cáo rằng Akhundzada đã không đi ra ngoài Afghanistan sau tháng 9 năm 2001.